2012年のプロ野球ドラフト会議では、支配下選手70名(セ・リーグ36名、パ・リーグ34名)、育成選手13名(セ・リーグ5名、パ・リーグ8名)が指名された。
 

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セ・リーグ

横浜DeNAベイスターズ
×  東浜巨  投手  亜細亜大
1位 白崎浩之 内野手 駒沢大
2位 三嶋一輝 投手  法政大
3位 井納翔一 投手  NTT東日本
4位 赤堀大智 外野手 セガサミー
5位 安部建輝 投手  NTT西日本
6位 宮﨑敏郎 内野手 セガサミー
 
◇育成
1位 今井金太 投手 広島国際学院高

 
阪神タイガース
1位 藤浪晋太郎 投手  大阪桐蔭高
2位 北條史也  内野手 光星学院高
3位 田面巧二郎 投手  JFE東日本
4位 小豆畑眞也 捕手  西濃運輸
5位 金田和之  投手  大阪学院大
6位 緒方凌介  外野手 東洋大

 
広島東洋カープ
×  森雄大  投手  東福岡高
×  増田達至 投手  NTT西日本
1位 高橋大樹 外野手 龍谷大平安高
2位 鈴木誠也 内野手 二松学舎大付高
3位 上本崇司 内野手 明治大
4位 下水流昂 外野手 Honda
5位 美間優槻 内野手 鳴門渦潮高
 
◇育成
1位 辻空  投手  岐阜城北高
2位 森下宗 外野手 愛知工業大
 

東京ヤクルトスワローズ
×  藤浪晋太郎 投手  大阪桐蔭高
1位 石山泰稚  投手  ヤマハ
2位 小川泰弘  投手  創価大
3位 田川賢吾  投手  高知中央高
4位 江村将也  投手  ワイテック
5位 星野雄大  捕手  香川オリーブガイナーズ
6位 谷内亮太  内野手 國學院大
7位 大場達也  投手  日立製作所

 
中日ドラゴンズ
1位 福谷浩司 投手  慶應義塾大
2位 濱田達郎 投手  愛工大名電高
3位 古本武尊 外野手 龍谷大
4位 杉山翔大 捕手  早稲田大
5位 溝脇隼人 内野手 九州学院高
6位 井上公志 投手  シティライト岡山
7位 若松駿太 投手  祐誠高

 
読売ジャイアンツ
1位 菅野智之 投手  東海大在学
2位 大累進  内野手 道都大
3位 辻東倫  内野手 菰野高
4位 公文克彦 投手  大阪ガス
5位 坂口真規 内野手 東海大
 
◇育成
1位 田原啓吾 投手  横浜高
2位 松冨倫  内野手 別府大

パ・リーグ

オリックス・バファローズ
×  藤浪晋太郎 投手  大阪桐蔭高
×  松永昂大  投手  大阪ガス
1位 松葉貴大  投手  大阪体育大
2位 佐藤峻一  投手  道都大
3位 伏見寅威  捕手  東海大
4位 武田健吾  外野手 自由ヶ丘高
5位 森本将太  投手  福井ミラクルエレファンツ
6位 戸田亮   投手  JR東日本
 
◇育成
1位 原大輝  捕手  信濃グランセローズ
2位 西川拓喜 外野手 福井ミラクルエレファンツ
 

千葉ロッテマリーンズ
×  藤浪晋太郎 投手  大阪桐蔭高
1位 松永昂大  投手  大阪ガス
2位 川満寛弥  投手  九州共立大
3位 田村龍弘  捕手  光星学院高
4位 加藤翔平  外野手 上武大

 
東北楽天ゴールデンイーグルス
1位 森雄大  投手  東福岡高
2位 則本昂大 投手  三重中京大
3位 大塚尚仁 投手  九州学院高
4位 下妻貴寛 捕手  酒田南高
5位 島井寛仁 外野手 熊本ゴールデンラークス
6位 柿澤貴裕 投手  神村学園高
 
◇育成
1位 宮川将 投手 大阪体育大

 
福岡ソフトバンクホークス
1位 東浜巨  投手  亜細亜大
2位 伊藤祐介 投手  東北学院大
3位 高田知季 内野手 亜細亜大
4位 真砂勇介 外野手 西城陽高
5位 笠原大芽 投手  福岡工大城東高
6位 山中浩史 投手  Honda熊本
 
◇育成
1位 八木健史 捕手  群馬ダイヤモンドペガサス
2位 大滝勇佑 内野手 地球環境高
3位 飯田優也 投手  東京農大生物産業学部
4位 宮崎駿  内野手 三重中京大

 
埼玉西武ライオンズ
×  東浜巨  投手  亜細亜大
1位 増田達至 投手  NTT西日本
2位 相内誠  投手  千葉国際高
3位 金子侑司 内野手 立命館大
4位 高橋朋己 投手  西濃運輸
5位 佐藤勇  投手  光南高
 
◇育成
1位 水口大地 内野手 香川オリーブガイナーズ
 

北海道日本ハムファイターズ
1位 大谷翔平  投手  花巻東高
2位 森本龍弥  内野手 高岡第一高
3位 鍵谷陽平  投手  中央大
4位 宇佐美塁大 内野手 広島工高
5位 新垣勇人  投手  東芝
6位 屋宜照悟  投手  JX-ENEOS
7位 河野秀数  投手  新日鐵住金広畑
 
2013ドラフト
2011ドラフト