2013年のプロ野球ドラフト会議では、支配下選手76名(セ・リーグ34名、パ・リーグ42名)、育成選手13名(セ・リーグ7名、パ・リーグ6名)が指名された。
 

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セ・リーグ

東京ヤクルトスワローズ
×  大瀬良大地 投手  九州共立大
1位 杉浦稔大  投手  國學院大
2位 西浦直亨  内野手 法政大
3位 秋吉亮   投手  パナソニック
4位 岩橋慶侍  投手  京都産業大
5位 児山祐斗  投手  関西高
6位 藤井亮太  捕手  シティライト岡山

 

横浜DeNAベイスターズ
×  松井裕樹 投手  桐光学園高
1位 柿田裕太 投手  日本生命
2位 平田真吾 投手  Honda熊本
3位 嶺井博希 捕手  亜細亜大
4位 三上朋也 投手  JX-ENEOS
5位 関根大気 外野手 東邦高
6位 山下峻  投手  松本大
 

◇育成
1位 砂田毅樹 投手 明桜高
2位 萬谷康平 投手 ミキハウスREDS

 

中日ドラゴンズ
×  松井裕樹  投手  桐光学園高
1位 鈴木翔太  投手  聖隷クリストファー高
2位 又吉克樹  投手  香川オリーブガイナーズ
3位 桂依央利  捕手  大阪商業大
4位 阿知羅拓馬 投手  JR東日本
5位 祖父江大輔 投手  トヨタ自動車
6位 藤澤拓斗  内野手 西濃運輸
 

◇育成
1位 岸本淳希 投手  敦賀気比高
2位 橋爪大佑 内野手 大阪商業大

 

広島東洋カープ
1位 大瀬良大地 投手  九州共立大
2位 九里亜蓮  投手  亜細亜大
3位 田中広輔  内野手 JR東日本
4位 西原圭大  投手  ニチダイ
5位 中村祐太  投手  関東一高

 

阪神タイガース
×  大瀬良大地 投手  九州共立大
×  柿田裕太  投手  日本生命
1位 岩貞祐太  投手  横浜商科大
2位 横田慎太郎 外野手 鹿児島実業高
3位 陽川尚将  内野手 東京農業大
4位 梅野隆太郎 捕手  福岡大
5位 山本翔也  投手  王子(王子製紙)
6位 岩崎優   投手  国士舘大
 

読売ジャイアンツ
×  石川歩   投手  東京ガス
1位 小林誠司  捕手  日本生命
2位 和田恋   内野手 高知高
3位 田口麗斗  投手  広島新庄高
4位 奥村展征  内野手 日大山形高
5位 平良拳太郎 投手  北山高
 

◇育成
1位 青山誠   外野手 日本大
2位 長江翔太  投手  大阪経済大
3位 北之園隆生 内野手 秀岳館高

パ・リーグ

北海道日本ハムファイターズ
×  松井裕樹 投手  桐光学園高
×  柿田裕太 投手  日本生命
×  岩貞祐太 投手  横浜商科大
1位 渡邉諒  内野手 東海大甲府高
2位 浦野博司 投手  セガサミー
3位 岡大海  内野手 明治大
4位 高梨裕稔 投手  山梨学院大
5位 金平将至 投手  東海理化
6位 白村明弘 投手  慶應義塾大
7位 岸里亮佑 外野手 花巻東高
8位 石川亮  捕手  帝京高
 

オリックス・バファローズ
1位 吉田一将 投手  JR東日本
2位 東明大貴 投手  富士重工業
3位 若月健矢 捕手  花咲徳栄高
4位 園部聡  内野手 聖光学院高
5位 吉田雄人 外野手 北照高
6位 奥浪鏡  内野手 創志学園高
7位 柴田健斗 投手  信濃グランセローズ
8位 大山暁史 投手  セガサミー
 

◇育成
1位 東弘明 内野手 徳島インディゴソックス

 

福岡ソフトバンクホークス
×  松井裕樹 投手  桐光学園高
×  杉浦稔大 投手  國學院大
1位 加治屋蓮 投手  JR九州
2位 森唯斗  投手  三菱自動車倉敷オーシャンズ
3位 岡本健  投手  新日鐵住金かずさマジック
4位 上林誠知 内野手 仙台育英高
 

◇育成
1位 石川柊太 投手  創価大
2位 東方伸友 投手  浜田商業高
3位 曽根海成 内野手 京都国際高
4位 張本優大 捕手  佛教大
 

千葉ロッテマリーンズ
1位 石川歩  投手  東京ガス
2位 吉田裕太 捕手  立正大
3位 三木亮  内野手 上武大
4位 吉原正平 投手  日本生命
5位 井上晴哉 内野手 日本生命
6位 二木康太 投手  鹿児島情報高
 

◇育成
1位 肘井竜蔵 捕手 北条高

 

埼玉西武ライオンズ
1位 森友哉   捕手  大阪桐蔭高
2位 山川穂高  内野手 富士大
3位 豊田拓矢  投手  TDK
4位 金子一輝  内野手 日大藤沢高
5位 山口嵩之  投手  トヨタ自動車東日本
6位 岡田雅利  捕手  大阪ガス
7位 福倉健太郎 投手  第一工業大
 

東北楽天ゴールデンイーグルス
1位 松井裕樹 投手 桐光学園高
2位 内田靖人 捕手 常総学院高
3位 濱矢廣大 投手 Honda鈴鹿
4位 古川侑利 投手 有田工業高
5位 西宮悠介 投手 横浜商科大
6位 横山貴明 投手 早稲田大
7位 相原和友 投手 七十七銀行
8位 相沢晋  投手 日本製紙石巻
9位 今野龍太 投手 岩出山高
 
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