2004年のプロ野球ドラフト会議では、自由枠入団を含めた新人選手82名(セ・リーグ47名、パ・リーグ35名)が指名された。
 

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セ・リーグ

横浜ベイスターズ
◇自由枠
   那須野巧 投手 日本大
   染田賢作 投手 同志社大
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位(選択権なし)
3位(選択権なし)
4位 藤田一也 内野手 近畿大
5位 岸本秀樹 投手  近畿大
6位 石川雄洋 内野手 横浜高
7位 橋本太郎 投手  大体大浪商高
8位 桑原義行 外野手 日本大
9位 松家卓弘 投手  東京大
10位 齋藤俊雄 捕手  三菱自動車岡崎
 

広島東洋カープ
◇自由枠
   獲得なし
 
◇選択選手
1位 佐藤剛士  投手 秋田商高
2位(選択権なし)
3位 森跳二   投手 関西外語大
4位 丸木唯   投手 輪島実高
5位 小島紳二郎 投手 国士舘大
6位 梅津智弘  投手 国学院大
7位 金城宰之左 投手 中部商高
8位 田中敬人  投手 JFE西日本
 

阪神タイガース
◇自由枠
   能見篤史 投手 大阪ガス
   岡崎太一 捕手 松下電器
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位(選択権なし)
3位(選択権なし)
4位 橋本健太郎 投手  日本新薬
5位 大橋雅法  捕手  北陽高
6位 赤松真人  外野手 立命館大
7位 高橋勇丞  外野手 済美高
8位 辻本賢人  投手  マタデー・ハイスクール
9位 玉置隆   投手  市和歌山商高
10位 水落暢明  投手  信太高
 

読売ジャイアンツ
◇自由枠
   野間口貴彦 投手 シダックス
   三木均   投手 八戸大
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位(選択権なし)
3位(選択権なし)
4位 亀井義行 外野手 中央大
5位 木村正太 投手  一関一高
6位 星孝典  捕手  東北学院大
7位 東野峻  投手  鉾田一高
 

ヤクルトスワローズ
◇自由枠
   田中浩康 内野手 早稲田大
   松岡健一 投手  九州東海大
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位(選択権なし)
3位(選択権なし)
4位 川本良平  捕手 亜細亜大
5位 上原厚治郎 投手 沖縄電力
6位 丸山貴史  投手 愛工大名電高
 

中日ドラゴンズ
◇自由枠
   樋口龍美 投手 JR九州
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位 中田賢一  投手  北九州市立大
3位(選択権なし)
4位 川井進   投手  日本通運
5位 鈴木義広  投手  中部大
6位 石井裕也  投手  三菱重工横浜クラブ
7位 中村一生  外野手 国際武道大
8位 小山良男  捕手  JR東日本
9位 金剛弘樹  投手  日本通運
10位 鎌田圭司  内野手 トヨタ自動車
11位 澤井道久  内野手 東海理化
12位 普久原淳一 外野手 法政大

パ・リーグ

オリックス・バファローズ
◇自由枠
   金子千尋 投手 トヨタ自動車
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位 光原逸裕 投手  JR東海
3位(選択権なし)
4位 町豪将  投手  JR九州
5位 田中彰  内野手 法政大
 

千葉ロッテマリーンズ
◇自由枠
   久保康友 投手 松下電器
   手嶌智  投手 新日本石油
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位(選択権なし)
3位(選択権なし)
4位 竹原直隆 外野手 三菱自動車岡崎
5位 大松尚逸 外野手 東海大
6位 木興拓哉 投手  北海道栄高
7位 青松敬鎔 捕手  上宮太子高

 
北海道日本ハムファイターズ
◇自由枠
   獲得なし
 
◇選択選手
1位 ダルビッシュ有 投手  東北高
2位(選択権なし)
3位 橋本義隆    投手  ホンダ
4位 マイケル中村  投手  前トロント・ブルージェイズ
5位 市川卓     内野手 菰野高
6位 菊地和正    投手  上武大
7位 中村渉     投手  三菱製紙八戸クラブ
8位 鵜久森淳志   外野手 済美高
9位 工藤隆人    外野手 JR東日本

 
福岡ダイエーホークス
◇自由枠
   獲得なし
 
◇選択選手
1位 江川智晃 投手  宇治山田商高
2位(選択権なし)
3位 高橋徹  投手  横浜創学館高
4位 中西健太 捕手  北大津高
5位 高橋秀聡 投手  九州共立大
6位 加藤領健 捕手  青山学院大
7位 定岡卓摩 内野手 福岡工大城東高

 
西武ライオンズ
◇自由枠
   獲得なし
 
◇選択選手
1位 涌井秀章 投手  横浜高
2位(選択権なし)
3位 片岡易之 内野手 東京ガス
4位 山岸穣  投手  青山学院大
5位 星秀和  捕手  前橋工高
6位 藤原虹気 投手  琴丘高

 
東北楽天ゴールデンイーグルス
◇自由枠
   一場靖弘 投手 明治大
 
◇選択選手
1位(選択権なし)
2位 渡邊恒樹 投手  NTT東日本
3位(選択権なし)
4位 西谷尚徳 内野手 明治大
5位 塩川達也 内野手 東北福祉大
6位 大廣翔治 内野手 東洋大
7位 平石洋介 外野手 トヨタ自動車
 
2005ドラフト
2003ドラフト